A BMSZ szervezeti felépítésében sajátos kettősség látszik. A szervezet működését, működtetését az egyesület biztosítja. Az egyesület demokratikus szervezet, melynek legfelsőbb döntéshozó testülete a Közgyűlés, amit a rendes (teljes jogú) tagok alkotnak. A napi működést a közgyűlés által választott testület az elnökség irányítja.
Az elnökség tagjai ide kattintva tekinthetőek meg.
Az egyesület törvényes működését biztosító testülete a Felügyelő bizottság, aminek egy elnöke és két további tagja van.
Szakmai tagozódás:
A BMSZ-nek három egysége van.
- A Budapesti egysége a központi egység, egyben az a legnagyobb taglétszámú is, melynek tevékenységi területe országos.
- A Délmagyarországi területi egysége elsősorban a Mecsek - Villányi-hegységben tevékenykedik. Szükség esetén a központi egységhez csatlakozva segíti a mentőszolgálatot más területeken is.
- A Gömör-Tornai területi egység elsősorban az Aggteleki-karszt területén dolgozik. Szükség esetén szintén a központi egységhez csatlakozva segíti a mentőszolgálatot más területeken is.
A mentőakciók egyszemélyi felelős vezetője az Akcióvezető.
A BMSZ akcióvezetői ide kattintva tekinthetőek meg.
Amennyiben a felsoroltak mind akadályoztatva vannak, egyes akciókra más alkalmas személyek is kinevezhetők.
A akcióvezetők irányítása alatt dolgoznak az akció csoportok, melyek létszáma 2-12 fő között mozog, minden esetben a kijelölt vezető irányítása alatt.
A mentőakcióban résztvevők mindegyike köteles a kijelölt vezetők utasításait végrehajtani.